Regeringen og myndighederne har udviklet et nationalt varslingssystem, som anvendes under pandemien. Som en del af systemet, udarbejdes hver uge en såkaldt risikovurdering, hvori det vurderes, hvilken sundhedsrisiko covid-19 på det givne tidspunkt udgør i Danmark.
På baggrund af den aktuelle risikovurdering fastsætter Epidemikommissionen det nationale og regionale risikoniveau. Med udgangspunkt heri anbefaler Epidemikommissionen, hvilke indsatser, tiltag og restriktioner, der bør gælde, for at kontrollen med epidemien i Danmark bevares.
Risikoniveauet i Danmark vurderes på en skala fra 1-5. Risikoniveau 1 afspejler et potentiale for meget lav sygdomsbyrde i den kommende periode. Risikoniveau 5 afspejler, at der et potentiale for meget høj sygdomsbyrde i den kommende periode er, eksempelvis ved udbredt smitte i store dele af samfundet, at sundhedsvæsenet er presset, og/eller at der er risiko for, at behandlingskapaciteten på sygehusene overstiges mv. Risikoniveauet i regionerne kan være forskelligt, ligesom tiltag og restriktioner ikke nødvendigvis iværksættes geografisk ens, fordi smitteudbrud og smitteudvikling kan være forskellig lokalt og regionalt.